Ja, inbetalningen ska bokföras.
Eftersom du har en momsfordran, så bör den ligga på konto 1650.
När du får tillbaka pengarna från Skatteverket så bokför du:
1. Om pengarna kommer in på företagskontot D 1930, K 1650.
2. Om pengarna kommer in på ditt privata konto D 2013, K 1650.