Jag skulle föreslå att du "betalar" kreditnotan mot kassakontot, sedan "betalar" du en del av leverantörsfakturan mot samma konto så att beloppen tar ut varandra på kassakontot. Då står bara den del av fakturan som du ska betala kvar som obetald och du kan skicka den till banken för betalning.
Lycka till!