Jag har gjort detta några gånger och det finns flera lösningar.
Jag gjorde en kopia av fakturan som verifikation och räknade ut mellanskillnaden som ska betalas in, registrerade en ny faktura på leverantören, som nu har rätt valuta!, (d.v.s. den gamla fakturan men med mellanskillnaden) då går ny fil till banken och vid betalning så stämmer du av den i "Kassa och bankhändelser" med valuta diff och allt som hör till.