Så vitt jag vet: Nej.
Det faller på flera begränsningar i eEkonomi:
1. Man kan bara ange ett BG-nummer i under Företagsinställningar.
2. Du kan bara ha ett samtidigt utseende på fakturor (du kan inte ha två samtidiga mallar med olika text).
3. Beroende på vilken bank man använder kan det vara vanskligt att ha en bankkoppling till flera olika företagskonton ("checkräkningkonto") samtidigt. Möjligen fungerar detta om man har varsitt företagskonto/bankkoppling till i två olika banker.