Du kan göra den bokningen i efterhand i samband med att du avslutar månaden.
Själv bokar jag upp det samtidigt som man bokför fakturan. Vet inte hur ditt system fungerar, men du kanske kan skapa en konteringsmall som beräknar och bokför löneskatten med automatik. Att det inte blev så på första fakturan har ingen betydelse, du får ju med kostnaden även om du bokar det manuellt i efterhand.