Jag hade lite av samma problem att lösa för ett par år sedan.
Jag är kassör i en frikyrkoförsamling som driver en second-handbutik. där är all försäljning momsfri eftersom den går till hjälpverksamhet.
Vi köpte en gammal mack som vi byggde om för dels försäljning av biltillbehör, godis och servering. I samma lokal bedriver vi nu vår second-handbutik.
Kassalösningen var då ett problem att lösa eftersom det var två organisationsnummer i hanteringen.
Jag vet att egentligen ska det vara två kassor eller två inloggningar i samma kassa. Kontrollbox ska också vara i dubbel upplaga eller en modell som jag vet frisörer med gemensam kassa men olika företag har. Det ställer till problem om man vill handla en begagnad skjorta och en kopp kaffe och sedan betala med kort. Ett väldans bök skulle det bli.
Vår kassaleverantör hittade en lösning i att ha en varugrupp för second-handvarorna utan moms.
Före dagsavslutet görs en avläsning och en kreditfaktura görs från bolaget till församlingen.
En gång i veckan görs sedan en utbetalning av skulden.
Jag kollade för säkerhets skull med Skatteverket och de hade inget att invända i detta fall.
Jag tror en liknande lösning skulle fungera för er också. Där ni har olika varugrupper som ni läser av vid dagsavslut och sedan gör en kreditfaktura. Moms är ju en fråga om vilka varar eller tjänster ni säljer. Det ska ju vara samma momssats på kreditfakturan som vid försäljningen.
Sedan får ni komma överens om med vilken frekvens ni gör överföringar. Finns bankgiro skulle jag nog rekommendera det, eftersom man får ett bra underlag för bokföringen.