Hej Joakim,
Det känns som om du gått igenom det mesta. En sak jag tänkte på är om du har markerat att kunden är en EU-kund i kundregistret efter att du skapat fakturan? Ändringar i kundregistret påverkar inte fakturor som redan är skapade. Har du kollat så ditt konto för frakt och expeditionsavgift har korrekt momsrapportkod?
I instruktionen EU periodisk sammanställning har vi samlat en massa information om vad som krävs för att fakturan ska komma med på sammanställningen. Hoppas du kan hitta något i den som du inte tänkt på tidigare.
Löser det sig inte rekommenderar jag att du kontaktar supporten så hjälper vi dig gärna!
/Tinna