Hej @Agronom Andersson
Först och främst vill jag tacka för att du väntat på svar. Vi har kommit fram till följande:
Löneart 1251 är konfigurerad så att den inkluderas i underlaget, vilket stämmer med vad du säger. Lönearten är inställd med tabellskatt och under flik 3 och i beskrivningen står det:
För att registrera den del av hyresersättning som överstiger den marknadsmässiga hyran eller om exempelvis hyreskontrakt saknas. Beloppet beskattas som lön. Gäller för alla kategorier och löneformer. Beloppet redovisas i fältkod 011 eller 131 på arbetsgivardeklarationen.
Vi fann också följande information hos Skatteverket angående FoU:Enligt Skatteverket måste hela den totala ersättningen till de anställda, inklusive hyresersättning, ingå i underlaget för FoU-avdrag.Läs mer här: Skatteverket: Forskningsavdrag
Om du omfattas av reglerna om forskningsavdrag, redovisa underlaget genom att fylla i ruta 470 i arbetsgivardeklarationen varje månad som de anställda har arbetat minst 50 procent med forskning eller utveckling.Vi tolkar detta som en rabatt för företag som arbetar med FoU, vilket innebär att all ersättning ska inkluderas.
Skulle det kanske kunna vara så att du syftar på expertskatt istället? Läs mer här: Accountor: Expertskatt
Om det inte är expertskatt utan verkligen forsknings- och utvecklingsavdrag du ska använda och du inte vill att hyresersättningen ska ingå, skulle du kunna använda en löneart som inte påverkar skatteunderlaget och bruttolönen det vill säga en nettolöneart. Det är även en god idé att du slår en signal till Skatteverket för att verkligen fastställa hur hanteringen bör se ut i ditt fall.
Hoppas detta hjälper dig och att du får en fin kväll!